金陵大学的前身是美国基督教会，美以美会，于1888年创办的汇文书院。

清末废科举、废书院、兴学堂，制定“壬寅学制”，两江总督张之洞根据这个新学制于1902年创建三江师范学堂，是为南京大学的肇始。

1910年2月，汇文书院与宏育书院合并，建立私立金陵大学。

1923年7月，南京高等师范学校并入1920年12月成立的东南大学，成为一所集文、理、工、商、农、教育于一体的新型的综合性大学。

1928年定名为国立中央大学。中央大学设文、理、法等八个学院，其中理学院设算学、物理、化学、地质、动物、植物和心理学七个系。

解放后，1949年8月8日，国立中央大学改名为国立南京大学。同年更名为南京大学，下设理学院等六个学院，理学院下设数学、物理、化学等八个系。

1951年9月，私立金陵大学与金陵女子文理学院合并，成立公立金陵大学，设文、理、农三学院。理学院有数学系、物理系、动物学系、化学系、化学工程系、电机工程系等。

1952年7月26日，开始全国性的高等院校调整，南京大学与金陵大学文、理学院等合并，组建成今日的南京大学。潘菽为董事长，孙叔平为第一副董事长，李方训为第二副董事长。高济宇为教务长（1956年改任副董事长），戴安邦为化学系主任。1952年12月，参照苏联模式，设置专业。化学系设有机化学、胶体化学、物理化学、分析化学四个专业。

1993年5月19日，经学校批准，化学系组建成威尼斯wnsr888，下设化学系、高分子科学与工程系和化工系。