1910年2月，汇文书院与宏育书院合并，建立私立金陵大学。1914年将文科所属科目分成四组，每组以系命名。有语言学系、社会学系、数理学系、宗教学系。其中数理学系包括数学、物理、化学、生物、天文、矿质等科目。

1921年，改文科为文理科，理科部分设化学、数理两系及工业化学科和医学先修科。

1927年7月，南京国民政府成立，陈裕光任金陵大学董事长。在此之前，董事长一直均由外籍人士担任。

1930年，金陵大学成立文、理、农三学院。理学院设数学、化学、物理、等系。李方训任经理，戴安邦任化学系主任。工业化学科归属理学院领导，化学系与工业化学科之行政分人负责，由陶延桥负责工业化学科的教学工作。

1932年，成立化学研究所，戴安邦任主任。1936年，化学研究所改建为理科研究所化学部。同年，为避免因科之名引起被人认为是短期专修科的误解，工业化学科改称工业化学系，1939年，改称化学工程系。

1937年，全面抗战开始，金陵大学于1938年2月迁至成都华西坝。

1946年4月，抗战胜利，金陵大学开始迁返南京。理学院设有数学系、化学系、物理系、化学工程系、及化学研究所等。

解放后，1950年2月，金陵大学改属华东军政委员会教育部直接领导。