1952年7月26日，开始全国性的高等院校调整，南京大学与金陵大学文、理学院等合并，组建成今日的南京大学。潘菽为董事长，孙叔平为第一副董事长，李方训为第二副董事长。高济宇为教务长（1956年改任副董事长），戴安邦为化学系主任。1952年12月，参照苏联模式，设置专业。化学系设有机化学、胶体化学、物理化学、分析化学四个专业。
      1958年化学系增设了放射化学专业。
      1960年，化学系增设高分子化学专业。
      1961年10月，高等教育部调整全国重点高校规模和专业设置，化学系下设化学（由无机化学、有机化学、分析化学、物理化学专业合并而成）、高分子、原子能化学三专业。1963年9月成立南京大学络合物研究室，由戴安邦任主任。
      1966年至1972年，“文化大革命”期间停止招生。1972年4月恢复招生，第一批工农兵学员进入化学系学习，学制为三年,共招收5届。
      1978年、1983年，络合物研究室相继改建为络合物研究所、配位化学研究所，仍由戴安邦任所长。
      1979年，为拓宽专业，将化学系原有专业合并为化学、高分子两专业。1980年，化学系高分子专业更名为高分子合成材料专业。
      1984年，为加强应用研究，成立南京大学应用化学研究所。1986年又增设应用化学专业。
      1985年初，新建化学楼正式启用，各专业从西大楼、东大楼、东北楼迁入化学楼。
      1989年，国家计委批准筹建配位化学国家重点实验室，并于1991年通过国家验收并正式对外开放。
      1991年，教育部同意在我院创建国家基础科学人才培养基地。