1923年7月，南京高等师范学校并入1920年12月成立的东南大学，成为一所集文、理、工、商、农、教育于一体的新型的综合性大学，原南京高等师范学校化学系成为东南大学化学系。

1927年南京国民政府成立之后，于当年6月将上海、南京、苏州三地的多所学校合并于国立东南大学，命名为第四中山大学，成立化学工程科隶属第四中山大学工学院。