1928年国立江苏大学定名为国立中央大学。中央大学设文、理、法等八个学院，其中理学院设算学、物理、化学、地质、动物、植物和心理学七个系。

1933年，国民政府教育部恢复设立在“易长风波”中被裁撤的化学工程科，后改为化学工程系。

1937年，全面抗战开始，中央大学化学系、化学工程系迁至重庆沙坪坝松林坡本部。次年建柏溪分校，倪则埙负责分校化学系工作。

1938年12月，创办中央大学研究院，下设化学研究部，化学系主任高济宇兼任化学部负责人。化学部于1939年秋招生。1945年抗日战争胜利，中央大学于1946年6月迁返南京。